Según la tradición San Francisco fundó este convento en 1214. De la primitiva iglesia de una nave se conservan parte de los muros exteriores y algunas capillas. La cabecera fue reconstruida en 1523-1528 a expensas de Pedro Quintana, cuyo sepulcro se encuentra en el presbiterio. Las bóvedas de crucería estrellada se costearon con limosnas de diversas confradías y de particulares, en 1530-1542. Entre las capillas destaca la del Santo Cristo de la Venerable Orden Tercera, construida en el siglo XVIII, en estilo barroco. Al claustro mudéjar del siglo XV, con sobreclaustro de los siglos XVI-XVII, abrían las principales dependencias conventuales, de las que hoy sólo se conservan la capilla de La Piedad y la librería, rehabilitada para sede de la Escuela Oficial de Idiomas. En la Capilla de La Piedad, sala capitular de la comunidad, recibió la ordenación episcopal el que sería cardenal Cisneros, durante las Cortes de 1495.